Dosen IPB Beberkan Teknik Deteksi Identifikasi Virus pada Tanaman

Jakarta: Berbagai teknik deteksi dan identifikasi virus perlu dilakukan sebelum penanaman benih secara luas demi mengendalikan penyakit virus pada tanaman pangan. Dosen IPB University dari Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Sari Nurulita, menjelaskan teknik pengujian virus ini memerlukan sumber inokulum yang diperoleh dari perbanyakan.

Sari menjelaskan tipe-tipe bahan perbanyakan yang biasa digunakan di lapangan adalah organ generatif seperti biji-bijian. Selain itu, juga dapat menggunakan organ vegetatif seperti umbi pada jenis tanaman bawang-bawangan. Pengujian virus ini juga bisa dilakukan dari hasil kultur jaringan.

“Hal ini penting karena tidak semua deteksi virus pada benih dari organ generatif, kita juga perlu tahu organ vegetatif yang ditanam di lapangan yang perlu dideteksi juga,” kata Sari dalam Webinar Propaktani ‘Strategi Pengendalian Penyakit Virus pada Tanaman Mendukung Peningkatan Produksi Pangan’ dalam keterangan tertulis, Kamis, 27 Oktober 2022.

Sari mengatakan terdapat tiga tahapan utama yang perlu diperhatikan. Pertama, metode sampling yang tepat dan representatif sehingga dapat mewakili semua total sampel yang dimiliki.

Kedua, teknik growing on test, karena konsentrasi patogen atau virus di dalam tanaman masih sedikit. Kemudian, ditumbuhkan agar daunnya dapat dipanen dan mendapat konsentrasi virus yang lebih tinggi.

“Ketiga dan yang utama adalah deteksi berbasis protein dengan Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA) dan asam nukleat dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) tergantung jenis virusnya,” papar dia.

Sari menyebut teknik ELISA mampu merepresentasikan data untuk pendeteksian virus secara kualitatif dan kuantitatif. Warna kuning pada sampel mengindikasikan adanya target protein virus. Semakin tinggi intensitas warnanya, konsentrasi virus semakin tinggi.

“Secara kuantitatif, sampel dikatakan positif bila hasil rata-rata absorbansi sampel dua kali rata-rata nilai absorban kontrol negatif atau tanaman sehat,” tutur dia.

Sementara itu, dalam teknik PCR, terdapat tahap sekuensing yang sifatnya opsional. Bila sudah menggunakan primer spesifik, sekuensing kurang dibutuhkan. Sekuensing dibutuhkan bila ingin menganalisis lebih dalam, misalnya filogenetikanya.

“Teknik ini sempat dilakukan dalam penelitian mahasiswa IPB untuk mendeteksi streak mosaic virus pada tanaman tebu dengan teknik deteksi berbeda. Teknik immunocapture PCR dinilai mendapatkan hasil lebih jelas,” sebut dia.

Dalam deteksi virus ini juga membutuhkan sumber inokulum. Perbanyakan sumber inokulum dengan cara penularan mekanis dari sumber inokulum daun ke tanaman inang yang sehat. Setelahnya, inokulum dibuat menjadi awetan kering.

“Selain kita panen daunnya untuk membuat awetan, kita tetap melakukan penularan mekanis terus menerus agar tetap mempunyai sumber inokulum. Yang harus diperhatikan adalah pelabelan sampel dan penyimpanan sampel pasca pengeringan karena beberapa sampel harus disimpan dalam suhu dingin,” tutur dia. (medcom.id)